Martínez Flores nació en Asunción el 8 de julio de 1951, se licenció en Teología en la Universidad Pontificia Lateranense de Roma y fue ordenado sacerdote el 24 de agosto de 1985.
En la diócesis estadounidense de Virgin Islands ejerció durante varios años el ministerio de formación de seminaristas y asistentes de movimientos apostólicos.
A lo largo de su trayectoria como religioso ha sido vicario parroquial, párroco, secretario general del Sínodo Diocesano y asesor pastoral de Radio Caritas y de la Pastoral juvenil.
El 14 de agosto de 1997 fue nombrado obispo auxiliar de Asunción y recibió la consagración episcopal el 8 de noviembre de ese mismo año.
El 18 de mayo del 2000 fue nombrado primer obispo de la nueva diócesis de San Lorenzo y el 14 de marzo de 2012, ordinario militare de Paraguay. EFE
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