La Fiscalía la acusó de asumir la presidencia del Senado y, en consecuencia, la Presidencia de Bolivia en noviembre de 2019 sin cumplir requisitos constitucionales. La denuncia de este caso fue presentada por el presidente del Senado, Andrónico Rodríguez, en abril de 2021, cuando Áñez ya estaba siendo procesada por los delitos de sedición, conspiración y terrorismo tras la denuncia de la exdiputada Lidia Patty.
El abogado de la expresidenta, Alain De Canedo, manifestó que se «acabaron las instancias internas», lo que significa que es el momento de la justicia internacional. Y que «en esto podemos acudir tanto a Naciones Unidas como a la OEA (Organización de Estados Americanos)».
La expresidenta boliviana está actualmente detenida en la cárcel de mujeres de Miraflores, en la ciudad de La Paz.